8 kwietnia 1668 roku król, w obecności czternastu dostojników Kościoła i Korony, podpisał pełny akt fundacyjny kościoła. Kościół, zorientowany na osi wschód – zachód, wybudowany został w stylu barokowym, na planie krzyża łacińskiego. Elewacja frontowa rozczłonkowana jest pilastrami i niszami oraz zwieńczona trójkątnym szczytem. Pierwotna bryła świątyni została częściowo zmieniona w XVIII w. przez dobudowanie przypór zabezpieczających pękające mury. Wewnątrz wieczernika znajdują się trzy neobarokowe ołtarze. W ołtarzu głównym widnieje obraz Matki Boskiej Częstochowskiej, a nad nim obraz św. Karola Boremeusza. Z prawej strony ołtarza stoi marmurowa chrzcielnica ofiarowana w 1881 r. Portal z czarnego marmuru, prowadzący do północnej zakrystii, z herbem Wazów w supraporcie, jest widomym znakiem fundacji króla i opieki Wazów nad Nieporętem.

Na ścianach bocznych nawy głównej znajdują się epitafia dwóch długoletnich proboszczów parafii – ks. kan. Władysława Ślepowrońskiego i ks. kan. Paulina Borsa.

Organy wykonane przez firmę Biernackiego z Warszawy zainstalowano w świątyni po raz pierwszy 23 grudnia 1964 roku.